《混沌之子》是一款视觉小说游戏，剧情发生在“涉谷地震”的6年之后，当地开始发生一系列的神秘死亡事件，死亡事件的发生日期恰好和六年前类似事件的日期重合。为了解开谜团，游戏男主人公在自己的好友的帮助下开始着手调查这一系列死亡事件的起因。

公元2009年11月6日22时28分，M7.8。最大震度7的局地直下型大地震“涩谷地震”突然发生，这个如噩梦一般的天灾使东京代表性的繁华街之一涩谷毁于一旦。遮蔽视线的高层建筑物瞬间崩塌、黑色的火炎宛如呼唤伙伴一样以迅猛的势态蔓延、混乱的人们由于集团心理恐怖之情被煽动着，这些都导致了无数生命被无情吞噬。最终死者数量3851人，负伤者数量30927人。

而本作的故事就在之后的西历2015年10月复兴中的涩谷上演。当时的涩谷开始连续发生奇妙事件，在进行网络直播时迷之死亡的人，在街头表演中唱歌时离奇死亡的人，在爱情旅馆的天井被勒死的尸体……人们开始察觉，这些事件都与在5年前涩谷骚动的“某个事件”的日期一致——没错，也就 On 7th of September 2015 a man suddenly dies while streaming a video from his web camera. Later, on September 19th a street musician dies the same way while performing.

Miyashiro Takuru, a member of Hekihou Academy's newspaper Club is tasked to investigate those incidents. His friend, Shinji Ito, directs Takuru to a clue – both incidents took place at the same day as the first two incidents of “New Generation Madness” from 2009.

Takuru tells this to Kurusu Non